Trước những sai phạm, VKSND Tối cao hôm 18/4 ra cáo trạng truy tố 21 người tội Nhận hối lộ; 24 người Đưa hối lộ; 4 người Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; 4 người Môi giới hối lộ.
Tháng 3/2020, Chính phủ tổ chức chuyến bay giải cứu đầu tiên, đưa 30 công dân Việt Nam từ Vũ Hán, Trung Quốc về nước. Sau đó, các chuyến bay giải cứu (người dân trả tiền vé máy bay, không mất chi phí cách ly) và chuyến bay combo (người dân tự nguyện trả phí toàn bộ) được triển khai cùng lúc.
Theo phân công, Bộ Ngoại giao sẽ xây dựng kế hoạch tổ chức chuyến bay. Bộ Y tế, Giao thông vận tải, Quốc phòng, Công an tham gia cho ý kiến với Bộ Ngoại giao. UBND các tỉnh, thành phố được giao thực hiện chủ trương cách ly y tế.
Trong vụ án, Bộ Ngoại giao được xem là "mắt xích" quan trọng khi thực hiện các chuyến bay với đầu mối là Cục Lãnh sự. Từ tháng 4/2020 đến 1/2022, Cục Lãnh sự đã đề xuất và được Chính phủ phê duyệt tổ chức 772 chuyến bay trong đó 400 chuyến giải cứu, 372 chuyến combo.
Trong 9 tháng, từ tháng 5/2020, 13 cá nhân đại diện cho các doanh nghiệp đã tiếp cận, đặt vấn đề nhờ Thứ trưởng Ngoại giao Tô Anh Dũng giúp đỡ được cấp phép chuyến bay. Từ đó, ông Dũng 37 lần nhận 21,5 tỷ đồng.
Địa điểm ông Dũng nhận tiền nhiều nhất là phòng làm việc ở Bộ Ngoại giao, còn lại ở quán cà phê gần trụ sở Bộ hoặc thông qua vợ. Ông Dũng và gia đình đã tự nguyện nộp 2 tỷ đồng để khắc phục hậu quả.
Là cấp dưới chịu sự quản lý trực tiếp từ ông Dũng, bà Nguyễn Thị Hương Lan khi đương chức Cục trưởng Lãnh sự bị cáo buộc 32 lần nhận 25 tỷ đồng của doanh nghiệp. Bà Lan chủ yếu nhận tiền tại phòng làm việc, tại nhà riêng, trên xe ôtô, quán cà phê...
Tại Văn phòng Chính phủ, ông Nguyễn Quang Linh, trợ lý Phó thủ tướng Thường trực, cũng được một số doanh nghiệp tiếp cận, nhờ giải quyết giúp thủ tục. Trong hơn một năm, ông Linh đã nhận 5 lần, tổng cộng hơn 4,2 tỷ đồng, cáo trạng nêu.
Cựu thư ký thứ trưởng y tế 253 lần nhận 42,6 tỷ đồng
Bộ Y tế là một trong 5 Bộ tham gia tổ công tác thực hiện đưa công dân về nước. Tại đây, Cục Y tế dự phòng được giao nhiệm vụ phê duyệt hoặc từ chối đề xuất của Bộ Ngoại giao về tần suất, số lượng chuyến bay, phù hợp với tình hình dịch bệnh.
Theo quy trình, thứ trưởng khi nhận được đề xuất tổ chức chuyến bay giải cứu, combo hoặc khách lẻ xin về nước sẽ chuyển cho Cục Y tế dự phòng tham mưu. Mọi trao đổi giữa cục và thứ trưởng đều thông qua Phạm Trung Kiên (thư ký của thứ trưởng).
VKSND Tối cao xác định khi thực hiện nhiệm vụ, ông Kiên yêu cầu doanh nghiệp chi 50-200 triệu đồng một chuyến bay combo hoặc 500.000 đến 2 triệu đồng một hành khách. Với khách lẻ xin về nước, thư ký Kiên ra giá 7-15 triệu đồng một người, tùy từng thời điểm. Ông Kiên còn bị cáo buộc móc nối với Vũ Anh Tuấn, cựu phó Phòng Tham mưu Cục Quản lý Xuất nhập cảnh (Bộ Công an) nhận tiền "giúp đỡ" doanh nghiệp.
VKS cáo buộc, ông Kiên là bị can nhận tiền nhiều nhất. Trong 11 tháng, bị can này đã 253 lần nhận tổng cộng 42,6 tỷ đồng của 18 người đại diện các doanh nghiệp.
Điển hình, từ tháng 7 đến 11/2021, ông Kiên 7 lần nhận 6 tỷ đồng tại trụ sở Bộ Y tế để giúp Công ty Bầu trời xanh được cấp phép 40 chuyến bay. Những lần khác, ông Kiên nhận tiền thông qua tài khoản của người thân.
Tại Cục Quản lý Xuất nhập cảnh, trong 7 tháng, bị can Tuấn 49 lần nhận 27,3 tỷ đồng; đã nộp 8,3 tỷ đồng khắc phục hậu quả. Cục phó Trần Văn Dự hưởng lợi 3,1 tỷ đồng và đã khắc phục 2 tỷ đồng; cán bộ công an Vũ Sỹ Cường nhận 9,3 tỷ đồng và hưởng lợi 5,5 tỷ.
VKS xác định tại vụ án này 21 bị can công tác tại nhiều cơ quan nhà nước đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, nhiệm vụ được giao 515 lần nhận hối lộ 165 tỷ đồng; 4 người của đại sứ quán Việt Nam ở Malaysia lợi dụng chức vụ gây thiệt hại 10 tỷ đồng. 23 đại diện doanh nghiệp đã đưa hối lộ gần 500 lần với hơn 226 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, không chỉ đưa hối lộ trong tổ chức các chuyến bay, một số doanh nghiệp còn tiếp cận lãnh đạo địa phương khi làm thủ tục cách ly công dân về nước.
Tại Hà Nội, bị can Chử Xuân Dũng khi đương chức Phó Chủ tịch UBND Hà Nội, từ tháng 4 đến 12/2021, đã ký 66 văn bản đồng ý cho 16 công ty được đưa người từ nước ngoài về cách ly. Với trọng trách này, ông Dũng đã 9 lần nhận 2 tỷ đồng để ký chấp thuận cho cách ly với 4 công ty.
Bị can Trần Văn Tân, cựu Phó Chủ tịch UBND Quảng Nam, đã thay mặt lãnh đạo tỉnh ký chấp thuận cho công dân trên chuyến bay giải cứu được cách ly trên địa bàn. Ông Tân bị cáo buộc nhận 5 tỷ đồng của hai lãnh đạo Công ty Bầu trời xanh.
Trong vụ án, bị can Nguyễn Thị Hà Liên bị khởi tố về tội Môi giới hối lộ song đã bỏ trốn nên cơ quan điều tra quyết định truy nã, tách vụ án để điều tra sau. Một số người khác có dấu hiệu phạm tội, Cơ quan An ninh sẽ điều tra ở giai đoạn hai.